En la década de los años 60 la sociedad antioqueña y, en especial la medellinense, sentían la urgente necesidad de crear un instituto con características de educación superior que profundizara en el tema socio–familiar, fue así como personas de influencia en la sociedad de aquel entonces y el “Movimiento Familiar Cristiano” de la Arquidiócesis de Medellín, solicitaron a las directivas del Colegio Mayor de San Buenaventura, regentado por la provincia Franciscana de la Santa Fe de Colombia, fundar en la capital antioqueña un instituto de ciencias socio-familiares. La mencionada petición fue aprobada por el Consejo Directivo del Colegio Mayor de San Buenaventura con sede en Bogotá, en 1965. Un año después se autorizó la apertura del Instituto de Ciencias Socio–Familiares, con sede en el convento franciscano de San Benito.

El 14 de febrero de 1967 comenzó labores el Instituto de Ciencias Socio– Familiares, dirigido por el padre Fray Arturo Calle Restrepo, quien fue nombrado decano del Instituto y representante del rector del Colegio Mayor de San Buenaventura, en la ciudad de Medellín.

El primer programa académico que ofreció el instituto fue la Licenciatura en Ciencias Socio–Familiares, que confería el título de “licenciados” a los egresados; sin embargo, el 10 de septiembre de 1974 el Ministerio de Educación Nacional autorizó concederles el título de “sociólogos”, convirtiéndose Sociología en la primera Facultad de la Universidad de San Buenaventura Medellín.

En 1972 nació la Facultad de Psicología, que ha tenido un gran avance y desarrollo académico, científico e investigativo a lo largo de su historia tanto a nivel local, nacional e internacional. En la actualidad, la Facultad cuenta con un pregrado de Psicología con Acreditación de Alta Calidad por parte del Ministerio de Educación Nacional, cuatro programas de especialización de los cuales tres son presenciales y uno es virtual; cinco programas de maestría y uno de doctorado. Además, este programa se ofrece también en las Extensiones de Armenia e Ibagué.

• Armenia
  La Extensión Armenia abre sus puertas en el mes de agosto de 2005 y, posteriormente, el 8 de agosto de 2012 bajo la Resolución 9132, obtiene la renovación del registro calificado por 7 años.
• Ibagué
  La extensión Ibagué inicia sus labores en febrero 2006, cuenta actualmente con más de 80 egresados.

Por su parte la Facultad de Educación inicia labores en el primer semestre del año 1974. Su desarrollo académico científico e investigativo ha sido bastante amplio a lo largo de su historia, cuenta con el mayor número de egresados de la institución.

En la actualidad, esta Facultad ofrece cinco programas de pregrado, de ellos la Licenciatura en Educación Preescolar cuenta con Acreditación de Alta Calidad por parte del Ministerio de Educación Nacional; asimismo, entre la oferta de la Facultad se tienen cuatro especializaciones, dos maestrías y un doctorado.

En 1985 inicia actividades el programa de Ingeniería de Sistemas, dando origen a lo que es hoy la Facultad de Ingenierías, que actualmente está integrada por siete programas de pregrado y cinco de posgrado; su desarrollo a lo largo de estos años ha sido muy positivo y entre sus programas de pregrado se destacan Ingeniería de Sonido, único programa profesional en el campo del sonido con Acreditación de Alta Calidad en el país, e Ingeniería Multimedia, único en el ámbito local.

En el primer semestre de 1995 inicia actividades el programa de Contaduría Pública, dando así comienzo a la Facultad de Ciencias Empresariales. Hoy en día, la Facultad cuenta con cuatro pregrados y un gran balance en su desarrollo académico e investigativo.

En el año 1998 inicia el programa de Arquitectura y con él se origina la Facultad de Artes Integradas. La Facultad ha tenido un desarrollo admirable, pues en la actualidad tiene dos programas de pregrado y dos maestrías. El programa de Arquitectura cuenta con Acreditación de Alta Calidad por parte del Ministerio de Educación Nacional, y se ofrece también en la Extensión Armenia.

En el primer semestre del año 1998 inicia actividades el programa de Derecho, dando apertura a lo que es hoy la Facultad que lleva el mismo nombre y que cuenta con un programa de pregrado y dos programas de posgrado.

Varios ilustres franciscanos han prestado el servicio de rectores, dejando cada uno de ellos, en su momento, su impronta desde la perspectiva franciscana de la educación, de liderazgo y creatividad, estos son:

• Fray Arturo Calle Restrepo O.F.M. de 1967 a 1977
   
• Fray Alberto Lopera Trujillo O.F.M. de 1977 a 1978
   
• Fray Alberto Lee López O.F.M. en 1978
   
• Fray Darío Correa Gómez O.F.M. 1978
   
• Fray Alfredo Robles Olarte O.F.M. de 1979 a 1983
   
• Adolfo Gartner Giraldo de 1983 a 1984
   
• Fray Luis Javier Uribe Muñoz O.F.M. de 1984 a 1986
   
• Fray Javier Darío Restrepo López O.F.M. de 1986 a 1987
   
• Fray Pablo Castillo Nova O.F.M. de 1987 a 1990
   
• Fray Publio Restrepo González O.F.M. de 1990 a 1993
   
• Fray Germán Bautista Romero O.F.M. de 1993 a 1996
   
• Fray Héctor Eduardo Lugo García O.F.M. de 1996 a 1999
   
• Fray Hernando Arias Rodríguez O.F.M. de 1999 a 2002
   
• Fray Adolfo Galeano Atehortua O.F.M. de 2002 a 2004
   
• Miguel Ángel Builes Uribe de 2004 a 2011
   
• Fray José Wilson Téllez Casas O.F.M. de 2012 a 2014
   
• Fray Antonio Ricaurte Cañas Gil O.F.M. septiembre a noviembre de 2014
   
• Fray José Alirio Urbina Rodríguez O.F.M. de 2014 hasta agosto de 2019
   
• Fray Jorge Botero Pineda O.F.M. desde el 31 de julio de 2019 hasta junio de 2021
   
• Fray Luis Fernando Benítez Arias O.F.M. desde junio de 2021 hasta el 7 de febrero de 2023
   
• Fray Ernesto Londoño Orozco O.F.M. (E) desde el 7 de febrero de 2023 hasta la fecha