Considera fundamentales en su acción, la búsqueda constante de la verdad, la actividad creadora, el análisis serio y objetivo de la realidad, el rigor científico y el valor intrínseco de la ciencia y de la investigación, el examen crítico de los conocimientos y la aplicación de los mismos al desarrollo de la comunidad. Cumple las funciones de docencia, investigación, proyección social y bienestar institucional infundiendo en esas funciones los valores éticos, estéticos, sociales y religiosos, y asume como notas fundamentales del ser universitario: la autonomía del saber, la corporatividad, la investigación, la creación y la transformación de la sociedad por el conocimiento.

Concibe a la comunidad universitaria como centro de desarrollo integral y reafirma la primacía de la persona en la organización de la sociedad y del Estado, y asegura la presencia cristiana en el mundo universitario frente a los grandes problemas de la sociedad y de la cultura; afirma su fidelidad al mensaje cristiano tal como lo presenta la Iglesia, el cual da significado particular a la cultura y a la ciencia, y considera prioritario el diálogo entre el Evangelio, la ciencia y las diversas culturas existentes en Colombia.

Considera a Jesucristo como centro del cosmos y de la historia; proclama la fraternidad universal de las creaturas y la reverencia por la creación. Fomenta la sencillez en el desarrollo de las relaciones entre los miembros de la comunidad universitaria y a través de sus diversas actividades, educa en el amor por la vida, por la justicia, por la paz, por la libertad, por el servicio a los demás y por la protección y preservación del medio ambiente. En consecuencia, asume como esenciales el cultivo de la sensibilidad, la orientación práctica de los saberes, la inmersión del quehacer en el entorno concreto, el desarrollo de una actitud frente a la vida centrada en el servicio a los demás, y el fomento de la sencillez en las relaciones entre los miembros de la Comunidad Bonaventuriana.

Para el cumplimiento de la misión, la Universidad se traza unos principios, unos objetivos y una axiología.