Desde la concepción del Bienestar Institucional como eje transversal y articulador, se definen las siguientes líneas de intervención:
Línea de calidad de vida
Tiene como finalidad garantizar los recursos físicos, humanos y materiales que favorezcan la adquisición de estilos de vida saludables de toda la comunidad, mediante la articulación constante entre Bienestar Institucional, las facultades, los programas académicos y otros escenarios académicos y administrativos. Además de propiciar espacios que impacten las familias de los miembros de la comunidad universitaria y que redunde en el bien-estar personal de cada una de ellos.
Línea de formación integral
Se enfoca en la orientación de los procesos encaminados al desarrollo de cada una de las dimensiones de la persona en lo cultural, espiritual, social, moral, intelectual, psicoafectivo y físico, así como, en la contribución para la cualificación de las competencias laborales, académicas y personales de todos los miembros de la comunidad.
Línea de construcción de comunidad
Desde esta línea se busca la creación de espacios que contribuyan a la consolidación de la comunidad universitaria Bonaventuriana y el apoyo a las acciones que conduzcan al mejoramiento del ambiente institucional de los miembros de la comunidad universitaria dentro de los principios franciscanos de las relaciones dialógicos fraternas, la tolerancia y la paz. Al igual que las acciones que contribuyan al fortalecimiento de la comunidad y el entorno en general que rodea la universidad.
Línea de inclusión y permanencia
Genera los lineamientos y estrategias orientadas al fomento de la inclusión, fundamentados en las condiciones de participación, diversidad y multiculturalidad; y la permanencia de los estudiantes en la Universidad, abordadas desde la promoción, prevención de riesgo, la intervención y evaluación de planes, proyectos y acciones integradas orientadas a la culminación exitosa de los proyectos académicos de los estudiantes.